Učenci imajo pravico do zdravstvenega varstva v skladu s posebnimi predpisi. Osnovna šola mora sodelovati z zdravstvenimi zavodi pri izvajanju zdravstvenega varstva učencev, zlasti pri izvedbi obveznih zdravniških pregledov za otroke, vpisane v 1. razred, pri izvajanju rednih sistematičnih zdravstvenih pregledov v času šolanja in cepljenj. Če učenec odkloni sodelovanje pri predpisanem zdravstvenem pregledu ali cepljenju, razrednik o tem obvesti starše učenca.

Za vse posebne zdravstvene preglede, ki jih namerava zdravstvena služba organizirati v šoli in niso v predpisanem programu, razrednik posebej obvesti starše in pridobi njihova pisna soglasja.

Šola mora delovati preventivno in osveščati učence o škodljivosti in posledicah kajenja, pitja alkoholnih pijač, uživanja drog, spolnega nadlegovanja ter nasilja. Šola osvešča učence o njihovih pravicah ter o načinih iskanja ustrezne pomoči v primerih spolnega nadlegovanja in zlorabe ter nasilja v družini. V te namene organizira različne aktivnosti pri pouku in drugih dejavnostih šole.